Награды 2006 года:
- Диплом Сибирской Ярмарки – за комплексный подход использования новых медицинских технологий.
- Золотая медаль отборочного этапа Межрегионального конкурса «Гемма-2006» – лучшие товары и услуги Сибири (малоинвазивная хирургия и лабораторная диагностика).
- Премия Межрегионального конкурса «Гемма-2006» – лучшие товары и услуги Сибири за высокое качество оказываемых услуг (малоинвазивная хирургия и лабораторная диагностика).
Награды 2007 года:
- Малая золотая медаль Сибирской Ярмарки – за фундаментальные разработки новых технологий УЗИ в сохранении репродуктивной функции и пренатальной диагностике.
- Премия Золотая Полоса – за поддержку и развитие здравоохранения.
Награды 2010 года:
- 22 декабря «Центр Новых Медицинских Технологий в Академгородке» был награжден золотой медалью конкурса «ГЕММА – 2010».
Награды 2012 года:
- За создание ЦНМТ коллектив удостоен государственной премии правительства НСО в 2012 году.
Награды 2014 года:
- В 2014 году коллектив врачей ЦНМТ занял первое место в областном конкурсе «Врач года — 2014» в номинации «За вклад в развитие медицины, внесенный представителями фундаментальной науки».